管理人様の手間や、実現可能性を考えてないことを前提に、議論の叩き台として書きます。

舞台性を崩さずにゲーム性を考えるなら、アスターテ会戦の時点で階級を設定して
帝国＝貴族出身の高級将校が多く物量で優位、メルカッツとミューゼルが強い。ラインハルト旗下の良将は少将クラス
同盟＝能力値のそこそこ揃った中将級艦隊司令がたくさん、ロボス・シトレもそこそこ。ヤン艦隊メンバーは准将クラス
その上で、艦艇数による戦闘修正を追加すれば、貴族達も使いたくなるのではないかと。
同盟はパストーレ、ムーア、ラップIN、帝国はゼークト、シュトックハウゼン、フォーゲル、エルラッハINくらいでどうでしょう。

索敵システムについて、同盟は浸透したケンプの捜索・掃討に５艦隊以上投入したし、
帝国もヤンが長駆進入は、管理人様の想定外と仰せです。
そこで、「衛星敷設」コマンドを用意して、宇宙空間・星間航路に視界１（配置点のみ）
の衛星を配置、敵が侵入すると踏み潰されるようにしてはどうでしょう。
（偵察衛星に加えて、通信中継衛星も置いてる事にして、味方星系まで繋げないと見えない方式でもいいかも）
偵察隊が敵の衛星を踏んだり、再設置するのも大事な作業になると思います。

フェザーンとイゼルローンについて、フェザーンの通常増艦は400、Max5000。
フェザーンを落とすと増艦は100になって、フェザーンを支配していない側の主星系増艦を+300、
フェザーンを落とした事のメリットは侵攻方向が増える事、フェザーンの増艦は輸送負担が少ない事。
デメリットとしてフェザーンの経済力が流出した事を表現。
イゼルローンは、星系余艦の防御力を上げて艦隊を貯めやすくすればいいのではないでしょうか。
トールハンマーって事で、イゼルローン上からの攻撃力を２倍にしてもいいかもしれません。
イゼルローンが守りやすくなれば、戦闘は今よりも同盟寄り（アスターテ前面）で行われるのではないでしょうか。
（数字は日産・上限が現在のままとして考えてます）

戦艦上限と日産量について、きちんと輸送システムが活動していれば、艦艇が余るくらいがちょうどいいと考えます。
艦艇数が足りないのが常態になると、低能力者による余艦吸い上げは利敵行為だ！とギスギスする予感がします。

後方担当にも成長と昇進の機会を与える為、昇進システムを功績ポイント累積制に変更できないでしょうか。輸送と索敵
は衛星敷設を回数こなせば上がるようにするのはどうでしょう。准将・少将は後方勤務で昇進してから、前線参加の選択肢もありではないかと。
帝国での大将＞上級＞元帥、同盟の大将＞元帥までの功績ポイントを同じにすれば、昇進面での不利は無くなると思います。

司令室について、ここのようにツリー式で参加者で削除可能な形のＢＢＳになれば使い易いのではと考えます。

最後これは妄想レベルなのですが、副官がいたら嬉しいなぁと。
能力を１か２底上げしてくれる＋BBS発言を提督・副官どちらでするか選べれば。