対商人に対する海賊行為の最大のデメリットはそれをされた事による
モチベーションの低下・愉快犯の増大（某ｋ氏のような）ですね。

逆に利きたいのですが、商人になんで海賊行為が必要なんです？
戦闘がしたいなら商人やめて将官になればイイじゃないかと思いますが。

もし導入するならば歴史に犯人と被害を載せるべきかなと。
すくなくともやられたほうには分かるようにするべきかと。
（目の前に海賊がいるわけですからわからんわけはないでしょう？）

それとこれはＳＩＲＯ氏への回答になりますが
自由とは「あらゆる意味での自由」です。
「目的あり」でもいいですし「好き勝手」も含みます。
地球教に入信しなければ、なにをしても利敵行為になること、
他人に被害を与える事はありません。
（と思うのですが、私が考え及ばない被害の与え方があるのかな？）